Pembakaran oxy-fuel memungkinkan biaya penangkapan yang lebih rendah dengan menambah konsentrasi CO2 dalam gas buang. Namun, produk pembakaran konvensional lain tetap ada di dalam gas buang: uap air; oksigen; nitrogen (walaupun berkurang); argon; gas asam seperti SO3, SO2, HCl, dan NOx. Untuk mencegah korosi dan mematuhi spesifikasi sekuestrasi, pengotor yang bersifat asam harus dihilangkan dari aliran CO2 sebelum aliran itu masuk kembali ke saluran pipa. Selain itu, mungkin ada persyaratan ketat lainnya untuk kemurnian, khususnya dalam aplikasi seperti Enhanced Oil Recovery (EOR).